PC 抽提是去除蛋白质有效的手段，但超过了该饱和度，裂解体系中的蛋白质不会被一次去除，必须靠多次抽提，方可*去除。且每次抽提都会损失部分核酸。另外，体系太粘稠的坏处是，蛋白质难以*去除，以及基因组 DNA 会断裂得更厉害，所以要注意裂解液与样品的比例。PC 抽提的另外一个用途是，利用酸性酚可以部分去除 DNA 的特点，在 RNA 抽提时获得 DNA 残留极少的 RNA。不过有一点要提醒的是，某些植物样品，在去除某些杂质之前，是不能使用 PC 抽提的，否则核酸必定降解。PC抽提的优势是成本低廉，对实验条件要求较低，对于经费紧张的实验室较为实用。
二、高盐沉淀法
高盐沉淀蛋白质/醇沉淀方法，同样也是一个非常不错的方法。与 PC 抽提方法相比，除了纯度的稳定性可能要低一点外，该方法几乎克服了 PC 抽提的所有缺点。更快、更轻松的去除蛋白质所可以用于大规模抽提，但其不足之处是纯度 (蛋白质残留) 不够稳定，蛋白质的沉淀效率在4℃会更好一些。
